Sungai Bunut Kecil berpunca di kawasan perhutanan sekunder di kawasan tanah pamah di Kampung Bunut, iaitu sebuah kampung di dalam Daerah Mukah, Sarawak. Sungai ini akan direntasi oleh Jalan Negeri Q605 (Jalan Kampung Litong–Tutus Hulu) sebelum bermuara di Batang Mukah. Pergerakan sungai ini kebanyakan menuju ke arah tenggara untuk bercamtum dengan Batang Mukah yang mengalir terus ke Laut China Selatan sebagai penamat Sungai Bunut Kecil. Muara bagi Sungai Bunut Kecilterletak di kawasan perkampungan yang sama iaitu Kampung Bunut, Daerah Mukah.[3][2]

Punca bagi Sungai Bunut Kecil terletak di ketinggian di antara 2 dan 4 meter (6.6 dan 13.1 ka) dari atas paras laut manakala muara sungai bagi Sungai Bunut Kecil pula terletak di ketinggian di antara 0 dan 2 meter (0.0 dan 6.6 ka) dari atas paras laut.[3][2]